Son órganos del CJA: la Asamblea General, la Comisión Permanente, la Presidencia y la Secretaría.

La Asamblea General es el órgano supremo de decisión del CJA. Está formada por las Entidades miembro del CJA que podrán enviar a la misma a un mínimo de 5 delegados y un máximo de 7 (este número se determina en función de la asistencia de la Entidad miembro a las anteriores reuniones de la Asamblea).

Las principales funciones de la Asamblea General son, entre otras, : aprobar las líneas generales de actuación y planificación del CJA, conocer la Memoria anual de actuaciones, aprobar la propuesta de anteproyecto de presupuesto, elegir a la persona que ocupará la Presidencia del CJA y a la Comisión Permanente, crear grupos de trabajo o subcomisiones específicas, nombrar a los representantes del CJA en aquellos órganos en los que tenga participación el mismo.

La Comisión Permanente es el órgano competente para ejecutar los acuerdos de la Asamblea General, promover la coordinación y comunicación entre los grupos de trabajo o subcomisiones y asumir la gestión ordinaria del CJA. Estará compuesta por seis miembros: Presidencia del CJA, dos Vicepresidencias y tres Vocalías que se elegirán por la Asamblea General de entre sus delegados. La Comisión Permanente deberá reunirse al menos una vez cada trimestre.

La persona que presida el CJA presidirá asimismo la Comisión Permanente.