La Comisión Permanente es el órgano competente para ejecutar los acuerdos de la Asamblea General, promover la coordinación y comunicación entre los grupos de trabajo o subcomisiones y asumir la gestión ordinaria del CJA. Estará compuesta por seis miembros: Presidencia del CJA, dos vicepresidencias y tres vocalías que se elegirán por la Asamblea General de entre sus delegados. La Comisión Permanente deberá reunirse al menos una vez cada trimestre.

La persona que presida el CJA presidirá asimismo la Comisión Permanente.

Actuará como titular de la Secretaría un funcionario del IAJ, designado por el Director General del IAJ.